شبكه اطلاع رساني روابط عمومي ايران (شارا)- ديوان اوقاف يا ديوان موقوفات اولين‌بار در تشكيلات اداري دوره سامانيان تاريخ نام برده شده، كه به كار مساجد و اراضي موقوفه رسيدگي مي‌كرده است
در دوران صفويان متصدي امور موقوفات با نام صدرالصدور وزير اوقاف و مستوفي موقوفات خوانده مي‌شد. در دوران زنديه وزارت موقوفات مسئول رسيدگي به امور موقوفات و بقاع بوده است.
پس از استقرار حكومت مشروطه در سال 1285 شمسي وزارت معارف و اوقاف و صنايع دستي تاسيس و به اداره موقوفات پرداخت.
رضاخان ياغي با پيروي از نقشه‌هاي شوم استعمار پير انگليس با تصويب قانون موقوفات در سال 1313 به دنبال تسلط و دخل و تصرف در موقوفات برآمد و ازعمل بر طبق اصول وقف سر باز زد و عوايد موقوفات صرف بذل و بخشش‌هاي بي‌حساب شد وعده‌اي كه وابسته به دربار بودند از اين ممر استفاده‌هاي فراوان نموده و دخل و تصرف دولت در املاك موقوفات تا آنجا پيش رفت كه در ارديبهشت سال 1320 قانون اجازه فروش املاك زراعتي موقوفات در مجلس به تصويب رسيد.
در دوران محمد رضا هم سياست تخريبي موقوفات ادامه يافت تا آنجا كه در سال 1339 در فرآيند قانون اصلاحات ارضي مجدداً دخل و تصرف و فروش باقيمانده موقوفات آغاز و در سال 1350 با تصويب قوانين مرتبط در آخرين مرحله از اين مقررات، موقوفات عامه نيز به فروش رفت و لطمه سنگيني بر پيكره وقف وارد نمود و با اين زمينه و فرهنگ سازي اعتماد مردم را نسبت به وقف كاملا متزلزل نمود.
با پيروزي انقلاب اسلامي قانون تجديد قرارداد، اجاره املاك و اموال موقوفه با تجديد انتخاب متوليان و امنا و نظار اماكن مذهبي در شوراي انقلاب به تصويب رسيد كه به موجب آن كليه قرارداد هاي موقوفات با مستاجرين و احكام هيئت هاي امنا باطل و با حركتي اساسي موضوع رابطه با مستاجرين بازنگري شد.
در ادامه اين روند و در پي فرمان حضرت امام(ره) ماده واحده قانون ابطال اسناد آب و اراضي وقفي در سال 1363 به تصويب مجلس شوراي اسلامي رسيد و فروش كليه موقوفات باطل اعلام گرديد و زمينه احياء و آباداني موقوفات فراهم شد و در همين رهگذر قانون تشكيلات و وظايف سازمان حج و اوقاف و امور خيريه نيز در همان سال به تصويب رسيد.
موضوع وقف در سال‌هاي پس از انقلاب اسلامي نيز متاسفانه باز هم مورد غفلت قرار گرفته و در سند چشم انداز كشور و برنامه‌هاي اول، دوم و سوم توسعه فرهنگي، اجتماعي و اقتصادي كشور مورد توجه لازم واقع نشده، موقوفات و خيل عظيم خيرين از نظر دورمانده است.
چه بسا اگر به اين مهم توجه لازم مي‌گرديد امروز ناظر و شاهد بروز و ظهور جدي‌تر وقف و امور خيريه در عرصه‌هاي مختلف بوده و جامعه از خيرات و بركات اين سنت حسنه هرچه بيشتر بهره‌مند مي‌گرديد.
در سال 1385 با رويكرد دولت عدالت محور و تغييراتي كه در سطح سازمان صورت گرفت موضوع تحول و برنامه ريزي با تهيه و تدوين سند راهبردي و برنامه هاي سه ساله منتهي به پنج ساله چهارم در صدر اهداف سازمان اوقاف و امور خيريه قرار گرفت.